Отдел состоит из 9 человек, зав. отделом к.б.н. Князев И.В. Отдел включает в себя сектор озерного и прудового рыбоводства (зав. сектором Ниязов Н.С.) и группу болезней рыб. В отделе два доктора, три кандидата наук и один аспирант.
 Отдел занимается разработкой технологических схем и нормативов выращивания рыбы в озерах Западной Сибири, формированием маточных стад ценных видов рыб, составлением кадастра рыбохозяйственных водоемов юга Тюменской области, прогнозированием уловов рыб в озерах юга Тюменской области, составлением рыбоводно-биологических обоснований и рекомендаций по зарыблению и эксплуатации разнотипных водоемов, ведением мониторинга эпизоотической обстановки в прудовых хозяйствах и эксплуатируемых озерах, изучением причин возникновения инвазионных, инфекционных болезней и токсикозов рыб с последующей выдачей рекомендаций по оздоровлению водоемов.